tatycastro,
Pra quem não viu o problema acontecendo, "A imagem fica cortada no meio e aparece tela inicial do dvd no resto da tela" não é uma explicação muito esclarecedora. É difícil abstrair as informações dessa frase e montar uma imagem na mente. Talvez com uma foto da tela da TV a gente conseguisse entender.
Mas, de qualquer forma, se a velocidade está alterada, tem problema na conversão.
Faça experiências. Mexa nos parâmetros. Tente reconverter o vídeo também. Eu gosto de usar XviD dual-pass para o vídeo e Lame Mp3 CBR para o áudio. Os DivX players são totalmente compatíveis e a qualidade costuma ficar bem legal, se você usar bons bitrates.
Mas faça experiências com o Super. Mexa bastante nele, você vai descobrir várias coisas, e uma boa configuração para converter vídeos para o seu player de mesa.