Por exemplo: Ele começa no setor 0, e vai adicionando +1. Se estiver marcado como defeituoso pula. É como se fosse uma fita magnética.
Como ele sabe que o setor "está marcado com defeituoso"?
Em um sistema FAT o cluster é marcado como defeituoso na tabela de alocação. Eu não sei como é em outros sistemas mas é preciso pelo menos existir em algum lugar um "mapa" com os setores ruins. Não faz sentido marcar um setor como ruim no próprio setor (ou cluster).
Editado: No NTFS um arquivo chamado "$BADCLUS" mantém o registro do clusters ruins:
http://www.djkaty.com/drupal/ntfsbadsectors O que curiosamente leva a um problema interessante, tratado no artigo: na clonagem de um HDD NTFS que tinha setores ruins, o HDD novo vai ficar com clusters marcados como ruins que na verdade estão bons.
E se o RJTech mantém um mapa com os setores ruins, também pode ter um mapa mostrando onde estão os programas, seu tamanho, etc. Não é um sistema de arquivos completo, mas também não pode ser tão "RAW" assim.
A alternativa seria o gravador escrever nos setores sem se importar se estão bons ou ruins. Afinal, é um stream MPEG e não uma planilha do excel. Bons DVD players, por exemplo, não podem ficar teimando em um setor do DVD que não lê direito. Eles precisam saltar para o próximo porque é melhor o usuário ver ou ouvir um pequeno problema do que o filme inteiro engasgar ou travar por causa de um problema insiginificante.