Existe um programa chamado FolderSort que permite ordenar os arquivos no usb do jeito que quiser (nome, nome ordem inverso, extensão, extensão ordem inverso).
Eu suponho que isso aconteça porque é a forma mais fácil de percorrer a lista de arquivos.
Digamos que a lista de arquivos criada no pendrive é como uma fila de pessoas num banco. Você pode percorrer facilmente a fila da pessoa que chegou primeiro à que chegou por último e ao contrário. Mas se quiser percorrer por ordem alfabética, vai precisar de mais "inteligência e coordenação".
Em um CD ocorre o oposto, mas pelo mesmo motivo. Durante o processo de gravação os arquivos são ordenados alfabeticamente, por isso essa também é a forma mais fácil de percorrer a lista de arquivos no CD.
Então eu suponho que a única forma de ordenar arquivos alfabeticamente no pendrive (do ponto de vista do DVD player) seja gravá-los em ordem alfabetica ou conseguir um programa (que não conheço) que seja capaz de reordenar a FAT segundo esse critério.
Uma coisa que tem me tirado a paciência, é a ordenação dos arquivos nos dispositivos USB... Sempre organizo as músicas, mas quando conecto ao DVD Player, não mantém a ordem, terminei descobrindo que ele ordena por data de gravação, não adianta colocar "01 - nome..." Tem alguma forma de fazer isso? Será que existe algum programa que facilite isso? A mesma coisa acontece no Som Automotivo USB...