Terminei de assistir aos 26 episódios do anime RahXephon (todos de uma vez) e tenho que admitir que não entendi quase nada. Só pude realmente perceber (ainda assim, não inteiramente) o que estava se passando no seriado após ler o 
artigo na Wikipedia. A compreensão total da trama só veio depois de ler isto aqui. Como eu me considero razoávelmente inteligente, só posso atribuir minha incapacidade de seguir o enredo aos seguintes problemas:
Não consegui distinguir os personagens – Tá, eu sei que essa piada de que “japonês é tudo igual” é muuuito velha, mas eu não estou de sacanagem. Juro que me vi desorientado várias vezes tentando distinguir quem era quem.
Até mesmo nas cenas com as crianças na mansão eu podia jurar que eram três meninas, quando na verdade só havia uma menina no grupo (Helena). Os nomes, então, são outro problema.
Não sei se isso foi decorrente apenas da minha incapacidade de distinguir os rostos, ou se “os sons” dos nomes japoneses não “grudam” na minha cabeça, mas lembrar os nomes também não dava mesmo.
Outro problema é que os personagens às vezes eram chamados pelo nome, às vezes pelo sobrenome, às vezes por ambos e às vezes por um apelido ou denominação (como quando Ayato era chamado de “Orin”, por Quon). E nem as vozes pareciam suficientemente “distintivas”. Eu não tive esses problemas com “Cowboy Bebop”.
A tradução não ajudou – Sem querer desmerecer o trabalho de quem fez a legendagem, eu tenho a impressão que deixei de entender alguns pontos importantes por causa da tradução. E como eu não entendo (e nem consigo entender, nem prestando muita atenção) nada de japonês, dependia inteiramente dela.