Jefferson, 
24 de março de 2015, 
Isso é para quem não tem o Visio, é claro.
Você pode tentar com o Dia (o nome complica buscas em português), mas apesar do software trabalhar com vetores os diagramas salvos em raster (jpg e png) são feios de doer, com diagonais serrilhadas (até no modo vetorial você vê serrilhado) e o programa não parece funcionar bem no monitor secundário.
Você pode tentar também o Inkscape, que faz coisas realmente muito bonitas mas não tem ferramentas específicas para fluxograma e é leeeento que dói. Se eu botar uma dúzia de gráficos SVG em uma página meu Core i3 com 6GB de RAM pede um upgrade.
Eu soube que o OpenOffice tem algo assim, mas não quis instalar aquele mamute (ainda usa Java?) só para isso.
Ou você pode se registrar gratuitamente no Gliffy e em minutos ter um diagrama razoável prontinho. Eu não gosto de fazer online o que posso fazer offline mas para meu espanto o Gliffy rodando dentro do Pale Moon (Firefox) funciona melhor que outras ferramentas nativas para Windows que já testei. O diagrama para o diagnóstico de detecção USB foi meu primeiro uso do Gliffy. Absolutamente nada para se gabar, mas espantosamente melhor que as outras opções.
Eu usava o Gliffy também, até descobrir o http://draw.io, que é completo, gratuito e não precisa de registro nenhum, além de exportar para PNG, JPG, XML, HTML… Costumo salvar os diagramas no Evernote, que possui OCR de imagens e, por isso, permite busca pelos termos contidos nos diagramas – e isso facilita bastante as consultas.
Eu usei bastante o https://www.lucidchart.com durante a faculdade.
Era fácil de usar e gerava gráficos bastante satisfatórios. Faz bastante tempo que não uso, no entanto.
PS.: Se não me engano, pedia pra criar um login, mas não lembro se era pra usar ou pra salvar os gráficos na nuvem.