Vergonhosamente, eu apanhei durante meses desse problema.
Não, eu não fiquei meses na frente do servidor tentando localizar a causa. Eu acessava o servidor do cliente, me perguntava “o que danado está havendo”, olhava a configuração do Cobian, mexia em alguma coisa e só voltava a pensar no problema da próxima vez que o HDD de backup ficava lotado. Cada backup tinha 45GB e eu tinha que periodicamente apagar as duplicatas com o doublekiller para liberar espaço em disco.
No projeto do Cobian, estava marcado “Use file attribute logic” e Backup Type – Incremental, então o backup incremental deveria funcionar.
Só anteontem eu descobri que Advanced -> Clear archive attribute estava desmarcado. 
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